На тот момент в его структуру входило всего четыре отделения: историко-филологическое, медицинское, физико-математическое и юридическое. Стоит отметить, что новый вуз возник не на пустом месте, а стал преемником Дерптского университета, который был основан еще в 1802 году императором Александром I (позднее, в 1893 году, город Дерпт стал Юрьевым, а сегодня это эстонский Тарту, входящий в состав ЕС).
К тому моменту жители Воронежа уже давно добивались создания собственного университета, считая, что для губернского города одного лишь сельскохозяйственного института недостаточно. В результате чаяния горожан и возможности для развития науки удачно пересеклись. Решающую роль сыграла поддержка из столицы: советское руководство и лично глава Совнаркома Владимир Ленин одобрили эту инициативу.
Юридическим фундаментом послужило решение Большой государственной комиссии по просвещению, принятое в мае 1918 года. Практическая реализация началась летом и осенью того же года: специальными железнодорожными составами из Юрьева в Воронеж прибыли 39 профессоров, 45 преподавателей, 43 сотрудника вспомогательных служб и порядка 800 учащихся.
В период первоначального обустройства университета его первым руководителем был назначен математик Виссарион Алексеев. Однако вскоре его на посту главы вуза сменил историк Василий Регель, который возглавлял учреждение вплоть до 1925 года.
