Возбуждено уголовное дело было ещё в 2016 году. Расследованием его занимались сотрудники Главного управления экономической безопасности и противодействия коррупции МВД России и УЭБиПК ГУ МВД России по Воронежской области вместе с коллегами из регионального УФСБ России. Поначалу фигурантам дела инкриминировали мошенничество в крупном размере (ч. 4 ст. 159 УК РФ), но позже его переквалифицировали в присвоение в особо крупном размере (ч. 4 ст. 160 УК РФ).
Согласно материалам следствия, в декабре 2010 года три ТОП-менеджера заключили договор с подконтрольной коммерческой организацией «Воронеж-Станкосервис» на проведение научно-исследовательских работ стоимостью 20 млн 54 тыс. рублей. Однако работы эти производили по факту штатные сотрудники авиазавода. Тем не менее ТОП-менеджеры провели акт приёма работ и летом 2012 года перечислили деньги на счета организации, что следствие считает растратой.
Средства эти были выделены из федерального бюджета в рамках совместного с Минобрнауки проекта по созданию системы серийного выпуска самолётов Ан-148. Авиазавод получил по конкурсу за три года в несколько этапов 298 млн рублей. Средства должны были пойти на разработки при производстве самолёта. Однако позднее Ан-148 удалили из программы ВАСО. С 1 января 2018 года авиазавод прекратил производство этих авиалайнеров.
Ко времени возбуждения уголовного дела Владимир Зубарев возглавлял Воронежскую индустриальную корпорацию (ВИнКо), являвшуюся управляющей компанией как индустриального парка «Масловский», так и воронежской особой экономической зоны «Центр». Должность эту он занимал до февраля текущего года.
Если вина трёх фигурантов уголовного дела суд сможет доказать, то им грозит срок – до 10 лет лишения свободы.